Gracias a la visión del Rector de esta universidad,  Químico José Víctor Zárate Aguilera, conocedor de la necesidad de que los estudiantes de la región de la Chontalpa dominen una lengua adicional al español como parte de su preparación profesional integral, pone en marcha el Centro de Idiomas el 20 de abril de 2009.

El Centro de Idiomas, junto con el Centro de Cómputo y la Biblioteca, forma parte de la Dirección de Apoyo Académico.

El 19 de mayo de 2009, el Centro de Idiomas de la Universidad Popular de la Chontalpa ofrece su primer curso de Comprensión de Textos en Inglés a un grupo de 14 participantes, en su mayoría profesores estudiantes de la Maestría en Turismo de la Naturaleza así como personal administrativo y docente de esta universidad.

El aula que se designa para las clases del Centro de idiomas es la antigua sala de cómputo del edificio C denominada en adelante aula 1 del Centro de idiomas. Posteriormente, el aula contigua a ésta se acondiciona para clases de idiomas denominándola aula 2 del Centro de Idiomas.

El Centro de idiomas ofrece sus primeros cursos el semestre Agosto-Diciembre 2009. Los cursos se ofrecen en la modalidad escolarizada para los estudiantes universitarios del turno matutino y del turno vespertino, así como para el público en general. Durante este semestre se ofrece Inglés I matutino, Inglés I vespertino, Francés I matutino, Francés I vespertino, Chontal I y Conversacional. La matrícula es de 55 alumnos de los cuales 35 son mujeres y 20 hombres.